Si nos ponemos a entrar en detalles de piezas habrá muchas diferencias, pero normalmente se habla de motorización (base de motor).
De la base de la MT-125 se ha fabricado la R125
De la base de la MT-03 se ha fabricado la R3.
De la base de la MT-07 se ha fabricado la Tracer 7 y la R7.
De la base de la MT-09 se ha fabricado la Tracer 9, XSR900.
De la base de la R1 se ha fabricado la MT-10, puesto que la MT-10 salió al mercado en 2016 con la base del CP4 de la R1 de 2015.
Si fue antes el huevo o la gallina entiendo que es indiferente, el primer CP fue en la R1 y por eso su evolución de motores ha ido hacia abajo y es diferente en la MT-10, es decir, la estrategia de Yamaha es evolucionar toda la tecnología en la R1 y de ahí ir copiándolo al resto de modelos inferiores.
Pero para evitar temas de semántica, voy a corregirme y aceptaré que la Tracer 10 usará el motor de la MT-10 que este también ha usado el bloque motor de la R1.
Ojalá saquen un motor nuevo y nos callen la boca

pero desde la EURO3 y la R6 he dejado de ver motores de 4 cilindros para pobres, ahora todas son de 1.000cc en adelante para gente mayor solvente o jóvenes sin hipoteca, viejos recuerdos quedarán de aquellos pepinos de 600cc por 10.000€.
Tenga el motor que tenga me es indiferente porque seguramente no tenga dinero ni para mirarla ni menos aún mantenerla, pagar por dos ruedas lo mismo o más que 4 ruedas siempre ha sido una barrera psicológica importante para mi, y suerte de que no te la roben porque de lo contrario te mueres de un infarto.