Imposible de recomendar solo un sitio, es uno de los viajes moteros por excelencia.
En 2011 hice un viaje con un par de colegas durante 15 días y fue algo impresionante. A ver si puedo concretarte un poco porque empezaría a poner lugares y no pararía.
CHAMONIX
Para mi la puerta de entrada a los Alpes, precioso pueblo a los pies del Mont Blanc, te recomendaría que hicieses noche y subirías al día siguiente temprano a Aiguille du midi. Inolvidable.
Otro lugar para ver sería Luzerna, muy bonita ciudad, cara como la madre que la pario y muerta a partir de las 18:00 excepto el par de calles frecuentado por los guiris...
Mi consejo es que hagas noche y al día siguiente te olvides de la moto y hagas la ruta túristica larga al Monte Pilatus. Fabulosa.
Si tienes pensado entrar tambien en Austria no debes perderte las cascadas krimml, el grobglockner, Hallstatt, Salzburgo y (esto ya es más personal) el campo de concentracion de Mauthausen, un lugar que da mucho que pensar.
Esos son los lugares que mejor recuerdo me dejarón si bien es cierto que en esa zona das una patada a una piedra y aparece un lugar precioso
En cuanto a los puertos no sabria cual recomendarte, quiza mis favoritos fueron el Gran Saint Bernard, (lastima de lluvia)
el Petit Saint Bernard, Grimselpass (desde cuya cima ves la bajada y como se junta con el Furkapass y notas como vas poniendote cachondo por momentos....

), San gotardo (ojo con este, es casi mejor subir por la carretera nueva y dejar los adoquines para las fotos bajo riesgo de quedarte sin empastes y tener que reapretar todos los tornillos de la burra), el Iseran, el increible Stelvio a pesar del tráfico, de que es un puerto de primera-segunda, la estrechez de la carretera etc, es un lugar mágico que no debes perderte por nada del mundo, eso si, te recomiendo que lo hagas direccion Trafoi-Bormio para que subas por los 48 tornantis.
Y ya si quieres poner la guinda, cuando salgas de los Alpes haz la ruta de Combe Laval saliendo de Grenoble por el parque natural del Vercors. Una autentica gozada.
ahora esto es lo que me viene a la cabeza al recordarlo, me dejo muchos puertos pero cuando tenga un rato libre te doy mas info y te la ilustro con alguna foto.
Ojala lo disfrutes tanto como lo disfrute yo.